Արցախյան առաջին պատերազմում ազատագրված պատմական Մարտակերտ, Ասկերան քաղաքների որոշ շրջաններ ե՛ւս նոյեմբերի 9ի եռակողմ պայմանագրի հետեւանքով հանձնվեց Ադրբեջանին. Տիգրանակերտը՝ գտնվելով Մարտակերտից հարավ եւ Ասկերանից հյուսիս ընկած տարածքում, ե՛ւս տրվեց թշնամուն՝ անհայտ ճակատագրով։ Ամոթալի պարտությունը հայ ժողովրդին ներքին պառակտման հրահրեց։

2005 թվականին հայտնաբերվել է Տիգրանակերտի ճշգրիտ տեղանքը. 2006ից ՀԳԱԱ հնագիտության և ազգագրության ինստիտուտի Արցախի արշավախումբը, պատմաբան ու հնագետ Համլետ Պետրոսյանի ղեկավարությամբ, տարածքում հնագիտական պեղումներ է սկսել: Մշակութային հարուստ կյանքի մանրամասներ, հզոր քաղաքի կառուցապատման մասին նորանոր բացահայտումներ են տեղի ունեցել պեղումների ընթացքում. գտնվել եւ բացվել է քաղաքի Միջնաբերդը, պարիսպները, հենապատը, քաղաքի կենտրոնական մասը։ Հատկապես առանձնահատուկ է պարիսպների որմնաքարերի հանգույցների «ծիծեռնակապոչ» կառուցվածքը։ Հետազոտություններ եւ պեղումները շարունակվել են նաեւ վաղ քրիստոնեական դամբարանադաշտում, պաշտամունքային-քարայրային համալիրում, ժայռափոր ջրանցքում։
Հնագետները պեղումների ընթացքում հայտնաբերել են գունավոր ապակու մեծ հավաքածու, 30-40 ապարանջանների բեկորներ, մոզայիկ ապակու կտորներ, ինչպես նաև ջնարակապատ խեցեղեններ՝ տարբեր բույսերի ու թռչունների պատկերներով։ 7-8-րդ դարերի քարե մարդակերպ կոթողները վկայում են Տիգրանակերտի հարուստ հնագույն մշակույթի մասին: Տիգրանակերտի հնագիտական թանգարանը տեղակայված է պատմամշակութային արգելոցի շրջակայքում։ Թանգարանի 3 սրահների բազմաթիվ ցուցադրափեղկերում ներկայացված է պեղումների ընթացքը, տեղեկություններ՝ տեղանքի պատմության, գտածոների վերաբերյալ։ (Պատերազմի օրերին Տիգրանակերտի հնագիտական հանգրվանի գույքը տեղափոխվել է ապահով վայր):

Հատկանշական է երրորդ եւ հիմնական տեղամասի՝ բազիլիկ եկեղեցու պեղումները, արդեն իսկ 600 լիտր տարողությամբ, օձի պատկերով անտիկ կարասի հայտնաբերմամբ։ Համաձայն տեղեկությունների, եկեղեցու ամենանշանակալից գտածոներից մեկը կավե փոքրիկ սկավառակն է. մեկ երեսին փորագրված հավասարաթև խաչ, մյուսին` տղամարդու դիմապատկեր բեղ-մորուքով, մորթե գլխարկով եւ հայերեն արձանագրությամբ. «Ես/ Վաչ[է] (ԿԱՄ Վաչ[ագան]) ծառայդ [եառն]», 5-7րդ դար։ Այս գրությունը համարվում է Հայկական վաղ քրիստոնեական լավագույն փաստարկ եւ Արցախի տարածքում հայտնաբերված ամենահին հայերեն արձանագրություններից մեկը։ Տիգրանակերտի բազիլիկան հավանաբար կանգուն է մնացել մինչև 9-րդ դարի վերջերը, ապա ավերվել է, եւ տարհանվել են պատերի մշակված քարերը։ Եկեղեցու պեղումների ժամանակ վաղ քրիստոնեական շրջանի գտածոները՝ խաչքարերը, հայերեն արձանագրությունների բեկորները, 5-7-րդ դարից սկսած մինչեւ 12-13-րդ դարերը խիստ կարևոր փաստագրում եւ վկայություն են մինչեւ իր վերջին օրերը հայկականության շնչով ապրած բերդաքաղաքի համար։ Տիգրանակերտի հետազոտությունները նախաձեռնել և հովանավորել է Հայրենադարձության և հիմնավորման
«Երկիր» միությունը, 2008ից նաեւ Ահ կառավարությունը: Արցախի զբոսաշրջության կենտրոն Տիգրանակերտի ողջ տարած­քում, բո­լոր պե­ղված հու­շար­ձան­նե­րի մոտ տեղակայված են եռալեզու հատուկ տեղեկատվական վահա­նակներ, ցու­ցա­տախ­տակ­ներ, սլաք­ներ։ Պե­ղված է դեռեւս քա­ղա­քի 3-4 տո­կո­սը։

Սարի գագաթին պահպանվել է 7-րդ դարի հայկական եկեղեցի՝ կառուցված Վանքասարի հանքի կրաքարով: Պեղումների ընթացքում հայտնաբերվել են մոտ 140 հուշարձան-բեկորներ։ Եկեղեցու բոլոր քարերը կրում են վարպետների նշաններ, որոնց զգալի մասը հայերեն տառեր են։ Տաճարի պատերին պահպանվել են մի քանի հայերեն արձանագրություններ. ժամանակին եղել են նաեւ խաչքարեր, որոնցից մեկը, համաձայն տեղեկությունների, ադրբեջանցիները տարել են Ակնա, եւ ապա կանգնեցվել է Ասկերանի եկեղեցու բակում: Խաչային հորինվածքով է հարդարված եղել եկեղեցու արմեւտյան մուտքը, որը սակայն ազերիները քերել են եւ հարթել, ապա անտեսելով այս իրողությունները՝ ադրբեջանական հետազոտողները Վանքասարի տաճարը հայտարարել են «աղվանական»։ Ի լրումն այս ամենի, պատմական տեղեկությունների համաձայն, նրանք Հետագայում՝ 70-ականներին, անտեսելով եւ չպահպանելով հայ ճարտարապետության օրինաչափությունները, քրիստոնեական տաճարի իրական կերպարը լիովին աղավաղելով՝ «վերանորոգել» են...

2020թ.-ին եւս՝ շարունակվել են պեղումները. 40 օր տեւած աշխատանքները արշավախմբի ղեկավար Համլետ Պետրոսյանի գնահատմամբ արդյունավետ է ընթացել: Սկսել են Ցից սարի եւ 5-6-րդ դարերի ժայռափոր եկեղեցու, մասունքարան-դամբարանի պեղումները։ Բնակավայրի վաղ քրիստոնեական հրապարակում և անտիկ թաղամասերում հայտնաբերել են տեղական գունազարդ խեցեղեն, ինչպես նաև ոչ տեղական ծագման ապրանքներ: Մոտ 100 քառակուսի մետրի վրա 20 թոնիր է բացվել՝ մեծ մասը բացօթյա։ 2020ի նշանակալի աշխատանքներից է նաեւ Տիգրանակերտի ջրանցքի պեղումները. նման կառույց, որ ջուր է մատակարարել քաղաքին՝ բացառիկ նորություն է... Տիգրանակերտի աշխույժ տնտեսական կյանքի վկայություն՝ մինչև 2 մ խորությամբ հացահատիկի հորերով, երկու տոննա ցորենի տարողությամբ, և շուրջը բացօդյա թոնիրներ։ Տիգրանակերտի վաղ քրիստոնեական ճարտարապետական համալիրը և մեծ բազիլիկ եկեղեցու գոյությունը՝ Արցախի Տիգրանակերտի որպես հայկական նշանավոր բնակավայրի վկայությունն է՝ չեզոքացնելով Ադրբեջանի գիտական և քաղաքական բոլոր ավանդազրույցները իրենց «տեղաբնիկ» լինելու մասին։